Müasir Azərbaycanda demokratik, hüquqi dövlət quruculuğu prosesi, vətəndaş cəmiyyətinin formalaşması, əsaslı siyasi və iqtisadi islahatların həyata keçirilməsi, ölkəmizin dünyada etibarlı tərəfdaş kimi tanınması Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır.

Möhkəm təməl və milli dəyərlər üzərində müasir dövlətin qurulması, xalqımızın milli ideya ətrafında birləşməsi, azərbaycançılıq ideologiyası Heydər Əliyev siyasətinin əsas istiqamətlərindən idi. Azərbaycan dilini, tarixini, mədəniyyətini və milli-mənəvi dəyərlərini qorumağı daim tövsiyə edən Heydər Əliyevin ideoloji əsaslarının  tam şəkildə bərqərar olmasına baxmayaraq bu işlərin vahid mərkəzdən istiqamətlənməsinə ehtiyac duyulurdu. Bu zərurətdən  irəli gələrək Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 29 dekabr 2006-cı il tarixli, 1886 nömrəli Sərəncamına əsasən Bakıda Heydər Əliyev Mərkəzi yaradılmışdır.

Mərkəz Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin dövlətçilik fəlsəfəsi və azərbaycançılıq məfkurəsinin öyrənilməsi, Heydər Əliyev irsinin tədqiqi və təbliği,  elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekologiya və iqtisadiyyatın inkişaf etdirilməsinə xidmət edən layihələrin həyata keçirilməsi, Azərbaycan tarixi və mədəniyyətinin, Azərbaycan dilinin və digər milli-mənəvi sərvətlərinin beynəlxalq aləmdə tanıdılması və təbliği, eləcə də dünya mədəniyyətinin, müxtəlif sivilizasiya nümunələrinin Azərbaycanda tanıdılması, yerli, regional və beynəlxalq konfrans, simpozium və digər tədbirlərin keçirilməsi istiqamətində fəaliyyət göstərir. Heydər Əliyev Mərkəzi, həmçinin digər ölkələrin analoji qurumları, araşdırma mərkəzləri ilə elm, təhsil, mədəniyyət, iqtisadiyyat, idman, ekologiya kimi müxtəlif sahələrdə birgə layihələr həyata keçirir.